XVIII a. broliai Jonas ir Antanas Beinoriai į Padubysį (dabar Bazilionai) pasikvietė Rytų apeigų katalikus – vienuolius bazilijonus, užrašė jiems gabalą žemės prie Dubysos.
1749 m. pastatyta bažnyčia, kuri ir dabar tituluojama Šv. Bazilijaus Didžiojo vardu, 1773 m. įkurta mokykla, nuėjusi ilgą persitvarkymų kelią:
- 1773 m. prie Bazilijonų vienuolyno įkuriama trimetė mokykla;
- 1794 m. mokykla tampa šešiametė (192 mokiniai);
- 1803 m. 183 mokiniai, 5 mokytojai;
- 1821 m. 291 mokinys, 5 mokytojai;
- 1824 m. 202 mokiniai, iš jų - 152 bajorų vaikai, 49 valstiečių vaikai, 1 miestiečių vaikas; 1835 m. mokykla nustoja veikusi (po 1830-1831 m. sukilimo uždaromas vienuolynas);
- XX a. pradžioje pradeda veikti parapijinė mokykla, kurioje visi dalykai buvo dėstomi rusų kalba;
- 1925 m. parapijinė mokykla reorganizuojama į lietuvišką 4 skyrių pradinę mokyklą Volungių kaime pas F. Ir O. Karpavičius;
- 1928 m. mokykla įsikuria pas K. ir U. Žilinskus taip pat Volungių kaime;
- 1936 m. po švietimo reformos mokykla tampa 6 skyrių;
- 1940 m. mokykla tampa progimnazija ir perkeliama į Bazilionų miestelį;
- 1950 m. mokykla jau septynmetė;
- 1952 m. mokykla reorganizuojama į vidurinę;
- 1955 m. išleista pirmoji abiturientų laida. Vidurinį išsilavinimą įgijo 20 mokinių (klasės auklėtojas Stasys Lastauskas, mokyklos direktorius Matilda Urbietytė).
- 1973 m. miestelis pervadintas Padubysiu, tačiau 1989 m. liepos 28 d. gyventojų pageidavimu vėl grąžintas Bazilionų pavadinimas.
- Nuo 1973 m. Padubysio vidurinė mokykla;
- Nuo 1989 m. Bazilionų vidurinė mokykla;
- 2010 m. prie mokyklos prijungiamas Bazilionų vaikų darželis ir mokykla tampa Bazilionų vidurine mokykla-darželiu.
- 2014 m. reorganizuota į Bazilionų mokyklą-daugiafunkcį centrą. Veikė Gruzdžių gimnazijos Bazilionų skyrius.
- 2019 m. išleista LXV (paskutinė) abiturientų laida;
- Bazilionų mokykla-daugiafunkcis centras nuo 2019–2020 m. m. (ikimokyklinis, priešmokyklinis, pradinis ir pagrindinis ugdymas)